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由復日科技承擔開發的國家人類基因組南方研究中心LIMS項目日前完成了整體驗收

2000-08-20
       由復日科技承擔開發的國家人類基因組南方研究中心LIMS項目日前完成了整體驗收,經過多方面的共同努力,項目順利竣工。該項目是圍繞著一個稱為CHGC SeqLIMS的計算機軟件系統而展開的。SeqLIMS即Sequencing Laboratory Information Management System的簡稱。南方中心作為一個國家級的基因科研基地,承擔著諸如人類基因組計劃1% 測序等大型項目。中心每天都需要面對數以千計的測序樣品和數百G的計算機分析數據,工作量相當之大。為此相適應,中心提出了更高的科研管理要求,迫切希望借助計算機來獲得更高的測序效率和質量。所以,系統在設計時非常強調以下幾個目標: 規范實驗操作流程,建立嚴格的登記制度,作到責任明晰。 規范樣品管理,支持條形碼的使用。 由系統協助制定測序計劃,上樣表自動生成,根治人為錯誤。 建立嚴密的質控體系,及時反饋質量信息。 在多個平臺間自動完成數據的傳輸、交換、備份以及與Phrad/Phrep, Blastn等軟件的交互。 LIMS項目啟動時,正逢1%項目大規模開展之季。但系統設計并沒有單純考慮僅僅配合該項目的需要,而是提出了更高的要求,希望建立一套符合科研單位實際特點的,適應多種項目需要的工作流和數據流。系統運行可貫穿:需求計劃、菌種制備、質粒抽提、反應、測序、讀序、檢查、分析、備份等整個過程,適用于絕大多數的測序實驗室。 
系統在具體實現上采用了許多先進技術。整個系統大量采用了Java技術,軟件不但可跨平臺運行,而且還具備了企業級的應用支持能力。服務器端基于強大的Sun Solaris和Linux系統,采用高效的MySQL關系型數據庫?蛻舳塑浖⻊t可運行在Windows、Mac OS、Linux或其他具有Java支持的系統上。 對于南方中心LIMS項目,現在無疑已經畫上了一個圓滿的句號,但在項目完成后復日科技又有了不少新的計劃和目標。LIMS是主要針對大規模測序而設計的,而在國內還有著不少單位,如一些面向功能研究的疾病相關基因實驗室,他們的測序量雖然并不龐大,但也迫切希望能夠建立自己的基因數據庫?墒峭艿饺肆ξ锪ι系南拗,又無法立即實現。復日科技正在努力尋找出方法來解決這些問題,如通過ASP(Application Services Provider)的方式,以實現數據的集中計算和存儲,使得用戶單位大大降低運行成本,同時又能使用到最佳的計算資源。
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